Thành phố Hưng Yên có 17 đơn vị hành chính cấp xã trực thuộc, bao gồm 7 phường: An Tảo, Hiến Nam, Hồng Châu, Lam Sơn, Lê Lợi, Minh Khai, Quang Trung và 10 xã: Bảo Khê, Hoàng Hanh, Hồng Nam, Hùng Cường, Liên Phương, Phú Cường, Phương Chiểu, Quảng Châu, Tân Hưng, Trung Nghĩa[10]

Phố Hiến, thương cảng sầm uất của Việt Nam hồi thế kỷ 16 và 17, nằm trong thành phố Hưng Yên.

Thành phố Hưng Yên được tổ chức theo 4 khu vực chính.

• Khu vực cần bảo tồn, tôn tạo (khu vực Phố Hiến)
• Khu vực cần cải tạo chỉnh trang (khu phố cũ)
• Khu vực xây dựng mới (khu đô thị mới)
• Khu nhà vườn sinh thái (trồng cây nhãn truyền thống của tỉnh)